بنابه گفته جنید شیرازی، هیچکس از محل شهادت احمدبنموسی(ع) آگاه نبود تا زمان امیر مقربالدین مسعودبنبدر که وی قبر آن حضرت را یافت و بر آن گنبدی ساخت. درباره اینکه چگونه مشهد احمدبنموسی(ع) کشف شده است، جنید هیچگونه آگاهی نمیدهد. وی در توصیف جسد مبارک آن حضرت میافزاید: هنگامی که حضرت(ع) را رؤیت کردند، رنگ مبارک وی برنگشته و هیچ تغییری در بدن آن حضرت دیده نشده و کفن وی همچنان تازه مانده بود و از روی انگشتری وی که عبارت «العزهالله احمدبنموسی» بر آن نقش بود، وی را شناختند.
علاوه براین چند مأخذ که از نزدیکترین منابع تاریخ محلی عصر اتابکان است، منابع دیگری نیز در دست است که آشکارشدن مشهد احمدبنموسی(ع) را به عصر امیر مقربالدین نسبت میدهند.
صحن مطهر
در گذشته هرکدام از حرمین مطهر احمدی و محمدی(ع) دارای صحن مستقلی بودند که ازطریق بازار بینالحرمین به یکدیگر متصل میشدند. در طرح توسعه و عمران آستان مقدس حضرت شاهچراغ(ع)، پس از خرید و تخریب اماکن و دکاکین بازار بینالحرمین، صحن مطهر وسعت یافت، به طوریکه هماکنون حضور هردو مرقد مطهر در یک صحن بر عظمت و شکوه آن افزوده است.
صحن مرکزی، مستطیلی است به مساحت چهاردههزار مترمربع که در اطراف آن ۱۶۲ غرفه در دو طبقه ساخته شده است. عملیات نماسازی رواقها با آجر و کاشی به طرز زیبایی به دست استادکاران آستان مقدس حضرت شاهچراغ(ع) به اتمام رسیده است. نردههای چوبی آن به سبک سنتی از چوب ساج ساخته شده و نصب گردیده است و کف صحن مطهر نیز با سنگ گندمک فارس فرش شده است.
حوض صحن
با الهام از طرحهای هنر اسلامی عملیات اجرایی حوض صحن مرکزی انجام شده و مورد بهرهبرداری قرار گرفته است. در ساختمان حوض از سنگهای بزرگ چینی ریز استفاده شده که در کارگاه سنگتراشی آستان مقدس به طرز زیبایی حجاری و نصب گردیده است.
ایوان
ایوان در قسمت شرق حرم واقع است. احداث صحن قدیمی قبل از ایوان بوده است و بنای اولین ایوان را به دوران علاءالدوله قاجار نسبت میدهند. ابعاد ایوان مطهر پس از توسعه به طول ۳۰/۳۸ متر و به عرض ۵/۵ متر شدهاند و دارای ده ستون به ارتفاع ۵/۱۰ متر است که دهنه بین ستونها ۱۵/۳ متر و دهنه وسط ۳۵/۶ متر، طول دارد. دوازده حجره در دو طرف به صورت دوطبقه ساخته شده و یک دهنه بزرگ در وسط قرار دارد که بدنههای آن با گچکاری تزیین گردیده است. در دو طرف درِ طلایی حرم مطهر دو راهرو وجود دارد که به حرم و ایوان منتهی میشوند.
سقف ایوان توسط هنرمندان کارگاه نجاری آستان مقدس به طرز باشکوهی با کار گره تند، آلت و لغاظ از چوب ساج ساخته شده و اسماء باریتعالی و ائمه اطهار(ع) با چوب نارنج و افرا بر آن تزیین گردیده است. در اطراف چهاربر ستونهای ایوان، اسماءالله نوشته شده است و زیر آن مقرنس چهار ترک و پایین ستونها هشت ترک میباشد.
جلوی سقف ایوان از چوب ساج به صورت سر شیر ساخته شده است. زیر پای ستونها و نمای جلوی ایوان از سنگ مرمر یکپارچه با نقوش زیبا به دست سنگتراشان هنرمند حرم مطهر حجاری و نصب شده است و عملیات قرینهسازی و کاشیکاری آن توسط هنرمندان کارگاههای سنتی آستان مقدس درحال اتمام میباشد. در بالای سردر از سمت خیابان نوشته شده است: «انما یریدالله لیذهبعنکم الرجس اهلالبیت و یطهرکم تطهیرا» و در زیر این اشعار به چشم میخورد:
این بارگاه شاهچراغ است، کش مدام بر بوستان خلد بود فخر از صفا
این بارگاه زاده موسیبن جعفر است کو راست پنج واسطه تا شاه اوصیا
محیط داخلی سردر به صورت هشت ضلعی با سقف رسمیبندی و به صورت معرق، کاشیکاری شده است. ارتفاع هشتی با قوس آن ۱۲متر به ابعاد ضلع بزرگ ۷۷/۳ متر، ضلع کوچک ۸۸/۱ متر و ۸۸/۱ ورودیها ۹۰/۱ و خروجیها به عرض ۳۱/۱ متر، تجلی کار «گره» هنر کاشیکاران شیراز است.
در دو طرف محیط داخلی این سردر اشعاری از دکتر نورانی و وصال شیرازی و احمد وقار شیرازی، با کاشیکاری نقش بسته است.